رسالت اصلی واحد امور آزمایشگاه‌ها، ارتقاء سطح کیفی و کمی خدمات آزمایشگاهی هست که با نگرش به اهداف زیر به اجرا درمی‌آید:

•    ارتقاء کیفیت خدمات آزمایشگاهی از طریق اجرای الزامات آزمایشگاه مرجع سلامت
•    استقرار و ارتقاء برنامه ایمنی و امنیت زیستی آزمایشگاهی
•    پشتیبانی آزمایشگاهی در شرایط بحران و ارتقاء عملکرد آزمایشگاه‌ها در شرایط بحران
•    توسعه خدمات آزمایشگاهی در تمامی زمینه‌ها بخصوص درزمینهٔ بهداشت و بیماری‌های واگیر
•    سهولت دسترسی به خدمات آزمایشگاهی جهت تمامی افراد جامعه و تحت پوشش
 
شرح وظایف:

-    تعیین و برآورد میزان نیاز، خرید و توزیع اقلام مصرفی و غیر مصرفی آزمایشگاه
-    نظارت بر کلیه امور جاری آزمایشگاه‌های تحت پوشش
-    ایجاد هماهنگی درون بخشی
-    هماهنگی و نظارت بر خدمات پشتیبانی شرکت‌های طرف قرارداد فروشنده دستگاه‌های آزمایشگاهی
-    اجرای آیین‌نامه‌ها دستورالعمل‌ها و تعرفه‌های جدید مربوط به آزمایشگاه‌ها
-    هماهنگی با معاونت محترم بهداشت در برگزاری کارگاه‌های آموزشی جهت ارتقاء سطح علمی نیروهای فنی آزمایشگاه
-    جمع‌آوری آمار و تهیه گزارش عملکرد و ارسال به ریاست محترم شبکه و معاونت محترم بهداشت
-    تکمیل اطلاعات موردنیاز آزمایشگاه مرجع سلامت و مرکز مدیریت بیماری‌ها
-    استقرار و ارتقاء برنامه ایمنی و امنیت زیستی آزمایشگاهی
-    آموزش کارکنان جدیدالورود و نظارت بر عملکرد کلیه کارکنان
-    توزیع مناسب نیرو بر اساس میزان کار آزمایشگاه‌های تابعه
-    پشتیبانی آزمایشگاهی در شرایط بحران و ارتقاء عملکرد آزمایشگاه‌ها در شرایط بحران
-    شرکت در طرح‌های تحقیقاتی و پژوهشی آزمایشگاه مرجع سلامت